Die Iberische Halbinsel gilt als eines der letzten Rückzugsgebiete des Neanderthalers. Eine viel diskutierte These besagt, dass der anatomisch moderne Mensch lange Zeit vom restlichen Europa aus nicht weiter als bis zum Fluss Ebro auf die Iberische Halbinsel vordrang während die Neanderthaler auf der Iberischen Halbinsel auf der anderen Seite des Ebros lebten. Die Kulturstufe des Mittelpaläolithikums wird in Europa klassischer Weise mit dem Neanderthaler in Verbindung gebracht, während das Jungpaläolithikum als eine neue Kultur gilt, die möglicherweise vom anatomisch modernen Menschen nach Europa gebracht wurde. Wie sich der Übergang vom Mittel- zum Jungpaläolithikum auf der iberischen Halbinsel vollzog, ist heute noch nicht klar. Auch die Ursachen für das Verschwinden des Neanderthalers sind noch ungeklärt.

Das Neanderthal Museum erforscht dieses Thema seit April 2008. Wichtige Einzelfunde wie Humanfossilien, neuartige Werkzeugtypen des Jungpaläolithikums und Schmuckgegenstände von der Iberischen Halbinsel werden mit Hilfevon 3D Oberflächenscannern und Computertomographien erfasst und untersucht. Über die NESPOS Datenbank wird ein breites Spektrum von Fundstellendaten aufgenommen und ausgewertet.

Das Projekt wird von der Gerda Henkel Stiftung gefördert.