De Stichting Neanderthal Museum exploiteert het museum en onderhoudt de culturele erfenis "Neanderthaler" ten behoeve van een breed publiek alsook voor wetenschap en onderzoek.  

De stichting werd opgericht door het district Mettmann en de Vereniging Förderverein Neanderthal Museum e.V. Het Neanderthal Museum wordt slechts voor een klein gedeelte gesubsidieerd. Het merendeel van de exploitatiekosten wordt gedekt door entreegelden en verkoopopbrengsten.   

Bouw en inrichting van het museum werden mogelijk gemaakt door de  NRW-Stichtung Natur, Heimat Kultur en RWE. Sinds 2002 kent de Stichting Neanderthal Museum de volgende donateurs: Kreissparkasse Düsseldorf, Landschaftsverband Rheinland, de stad Mettmann en de stad Erkrath.