De Raad van  Toezicht is het hoogste bestuurlijke orgaan van de Stichting Neanderthal Museum. Haar leden zijn:  

voor de Vereniging Neanderthal Museum:

Prof. Dr. Dr. h.c. Gert Kaiser (voorzitter)

voor het district Mettmann:

Landrat Thomas Hendele (vice-voorzitter)

Dr. Norbert Stapper
Manfred Krick
Michael Ruppert
Gabriele Hruschka

voor de NRW-Stiftung Naturschutz, Heimat- und Kulturpflege:

Dipl.-Ing. Albrecht Woeste  

voor het Landschaftsverband Rheinland:

Milena Karabaic

Stephan Schnitzler

voor de Kreissparkasse Düsseldorf:

Ulrich Rüther  

voor de stad Mettmann:

Bernd Günther 

voor de stad Erkrath:

Arno Werner  

Erelid:

Dr. Bernd Stoy

De Raad van Bestuur beheert de zaken van de Stichting Neanderthal Museum. Haar leden zijn:  

voor de Neanderthaler-Gesellschaft e.V.:

Robert Wirtz (voorzitter)  

voor het district Mettmann:

Volker Freund  

voor het Neanderthal Museum:

Prof. Dr. Gerd-Christian Weniger (vice-voorzitter)  

Gast:

Vertegenwoordiging namens de NRW-stichting

Roland Ebbing, plaatsvervangend directeur museum