Der Stiftungsrat ist das höchste Organ der Stiftung Neanderthal Museum. Die Mitglieder sind:

Vertreter des Fördervereins Neanderthal Museum:
Prof. Dr. Dr. h.c. Gert Kaiser (Vorsitzender des Stiftungsrates)

Vertreter des Kreises Mettmann:
Landrat Thomas Hendele (stellv. Vorsitzender des Stiftungsrates)

Ursula Greve-Tegeler
Manfred Krick
Michael Ruppert
Gabriele Hruschka

Vertreter der Nordrhein-Westfalen-Stiftung Naturschutz, Heimat- und Kulturpflege:
Dipl.-Ing. Albrecht Woeste

Vertreter für den Landschaftsverband Rheinland:
Milena Karabaic
Stephan Schnitzler

Vertreter der Kreissparkasse Düsseldorf:
Ulrich Rüther

Stadt Mettmann:
Bernd Günther

Stadt Erkrath:
Arno Werner

Ehrenmitglied:
Dr. Bernd Stoy

Der Stiftungsvorstand führt die Geschäfte der Stiftung Neanderthal Museum. Die Mitglieder sind:

Für den Förderverein Neanderthal Museum:
Robert Wirtz (Vorsitzender des Vorstandes)

Für den Kreis Mettmann:
Volker Freund

Für das Neanderthal Museum:
Prof. Dr. Gerd-Christian Weniger (stellv. Vorsitzender)

Als ständige Gäste:
Vertreter(in) der NRW-Stiftung
Roland Ebbing, stellvertr. Museumsdirektor